O controle ambiental das atividades das empresas situadas na área portuária e das operações portuárias é feito por meio de procedimentos rotineiros, tais como a observação mensal dos relatórios analíticos dos efluentes das empresas arrendatárias, o controle da destinação dos resíduos de navios, bem como a fiscalização ambiental das operações de carga e descarga.