No território do Complexo Industrial Portuário de Suape existem 4 unidades de conservação:

As primeiras Unidades de Conservação criadas no território estão localizadas no Cabo de Santo Agostinho. A Mata de Duas Lagoas e a Mata do Zumbi foram criadas em 13 de janeiro de 1987, pela Lei 9.989, como Reservas Ecológicas. Posteriormente, em 3 de junho de 2011, foram recategorizadas como Parques Estaduais. 

Parque Estadual da Mata Duas Lagoas

A Estação Ecológica de Bita e Utinga foi criada em 5 de junho de 2012 pelo Decreto nº 38.261. Localizada nos municípios de Ipojuca e Cabo de Santo Agostinho, a Unidade de Conservação apresenta 2.467,1 hectares, contemplando os engenhos Arendepe, Conceição Velha, Conceição Nova, Pirajá, Penderama, Tabatinga, Utinga de Cima e Utinga de Baixo. Dentre seus principais atributos ambientais, citam-se os mananciais do rio Bita e do rio Utinga.

Estação Ecológica de Bita e Utinga

A Área de Relevante Interesse Ecológico dos Rios Ipojuca-Merepe está situada no município de Ipojuca. Foi criada em 29 de dezembro de 2014 pelo Decreto n° 41.405, apresentando 1.488,81 hectares de área com importância ecológica dos ecossistemas Manguezal e Restinga.

Área de Relevante Interesse Ecológico Ipojuca-Merepe

Atualmente, a administração do Complexo de Suape tem por objetivo criar mais duas unidades de  conservação, que estão em processo de atualização do “Diagnóstico Socioeconômico e Ambiental do Zoneamento e dos Programas de Manejo para a criação das unidades de conservação do Engenho Ilha e Engenho Tiriri”, incluindo suas zonas de amortecimento.