No intuito de evitar o tratamento inadequado de organismos da fauna marinha e estuarina debilitados ou em óbito pela comunidade portuária, a Diretoria de Meio Ambiente e Sustentabilidade tem trabalhado no desenvolvimento de protocolos para resgate. Os protocolos apresentam orientações gerais sobre como proceder ao encontrar um animal ferido, adoentado ou em óbito nas águas ou litoral e os contatos dos órgãos que recebem os animais para reabilitação e reintrodução. Foram, desta forma, desenvolvidos protocolos para resgate de peixes cartilaginosos e ósseos, mamíferos marinhos (cetáceos e sirênios), quelônios (tartarugas marinhas) e aves marinhas. Os protocolos estão sendo validados junto a órgãos/institutos competentes e devem ser em breve publicados. A Autoridade Portuária tem por procedimento acionar o resgate especializado dos organismos que frequentam a área e que demandam de atendimento veterinário, e nos casos em que se aplica, acompanhar o processo de reabilitação até a soltura.