O Porto de Suape realiza a cada dois anos sua Auditoria Ambiental em atendimento aos parâmetros legais exigidos pela Lei Federal Nº 9.966/2000, em seu Art. 9º, e conforme as diretrizes das Resoluções do Conselho Nacional de Meio Ambiente - CONAMA Nº 306/2002 e 381/2006.

O objetivo da referida auditoria é a verificação de todas as evidências referentes às responsabilidades ambientais, concernentes ao cumprimento da legislação vigente e do licenciamento ambiental do Porto. A última auditoria realizada foi em 2015 por empresa terceirizada e o relatório da mesma foi protocolado na Agência Estadual de Meio Ambiente – CPRH, no mesmo ano. A próxima Auditoria Ambiental do Porto será realizada no ano 2017, conforme determina a legislação, que prevê sua realização com periodicidade bienal.