O Porto de Suape realiza sob demanda dragagens de apro­fundamento. Até o momento, não são realizadas dragagens de manutenção, uma vez que inexistem estudos que eviden­ciem assoreamento significativo do canal, bacia de evolução e demais áreas necessárias à navegação. Todo o planejamento de dragagens segue a resolução Conama n° 454/2012, a qual dispõe sobre o gerenciamento do material a ser dragado. Para dispor do material dragado, Suape dispõe de área licenciada como bota-fora oceânico, dividida em seis quadrículas (A, B, C, D, E e F). 

As obras de dragagem são autorizadas previamente pela Agência Estadual de Meio Ambiente (CPRH), que apresen­ta as exigências específicas a serem cumpridas. Cada obra segue um Plano de Controle Ambiental de Dragagem, que contém as medidas adotadas pela executora da obra no intuito de minimizar os impactos am­bientais (incluindo o pleno atendimento às condicionantes estabelecidas na autorização). 

Finalmente, no intuito de fis­calizar os controles adotados e avaliar a sua eficiência, os dados decorrentes da execução do plano supracitado são comparados aos dados oriundos do monitoramento da qualidade dos compartimentos água, sedimento e biota, realizados rotineiramente no Porto de Suape.