No que se refere à biota, são coletados e identificadas espécimes do plâncton (organismos que flutuam na coluna d’água) e bentos (organismos de fundo). O nécton (organismos dotados de capacidade de natação) é monitorado por meio de observação visual e registro. O programa de monitoramento ambiental do Porto de Suape é essencial para que seja acompanhada a forma como a atividade portuária interfere na qualidade ambiental da área, bem como para avaliar e melhorar, continuamente, os procedimentos de controle ambiental adotados pela Autoridade Portuária.