Em 1991 o Cais de Múltiplos Usos começa a operar e o Porto de Suape foi incluído na lista dos 11 portos prioritários do Brasil, para os quais se deveriam direcionar os recursos públicos federais de investimentos em infraestrutura portuária. A partir de então, Suape deixou de ser apenas um porto industrial para se tornar um porto concentrador de carga de uso público, aliado à grande profundidade junto à costa, há 1,2 quilômetro do cordão dos arrecifes. Os contêineres começaram a chegar em Suape e realizar a movimentação nesse mesmo cais;

No ano de 1996, Suape foi incluído no Programa Brasil em Ação, contando com apoio financeiro do Governo Federal para a implantação da primeira etapa de seu porto interno;

Em 1999, a construção do porto interno foi concluída, com 925 metros de novos cais acessados por uma abertura na linha de arrecifes, com 300m de largura e 15,5m de profundidade.